Pour la réalisation de ses missions, le Ministère de la Santé Publique dispose des services de l'Administration Centrale, des Administrations Personnalisées et des Services Décentralisés sous son autorité et des Organisations Consultatifs ou d'Appui.

L'organisation, le fonctionnement et les attributions de ces administrations Personnalisées et des organismes consultatifs ou d'appui sont régis par des textes spécifiques.

Les services de l'Administration Centrale comprennent:

La Direction Générale de la sante publique
La Direction des services et des Programmes de Santé
La Direction de la Promotion de la Santé et de l'hygiene et de l'Assainissement
La Direction de la Pharmacie, du Médicament et des Laboratoires
Les Bureaux Provinciaux et Municipaux de Santé
La Direction Générale des Ressources
La Direction des Ressources Humaines
La Direction des Infrastructures Sanitaires et Equipements
La Direction du Budget et Approvisionnement